국방 정보시스템은 군사작전과 행정·군수 지원을 수행하는 핵심 기반체계로서, 안정적 운영을 위한 유지보수 예산의 합리적 산정이 필수적이다. 그러나 현행 유지보수 예산편성은 시스템 도입가 대비 일정 비율을 적용하는 정률제 중심으로 운영되고 있어, 시스템 특성과 실제 유지보수 업무량을 충분히 반영하지 못한다는 한계가 있다. 본 연구는 공공부문과 민간기업의 유지보수 비용산정 기준을 비교·분석하고, 국방 정보시스템 유지보수 전문가를 대상으로 한 설문조사를 통해 현행 제도의 문제 인식을 실증적으로 검증하였다. 분석 결과, 정률제와 유지보수 활동 기반 요소를 결합한 혼합형 산정 방식이 유지보수 비용의 현실성과 예측 가능성을 제고하는 대안으로 도출되었다. 본 연구는 국방 정보시스템 유지보수 예산편성 기준 개선을 위한 정책적·실무적 시사점을 제시한다.